1369-1556年
元明倭寇之患
倭寇集团由日本浪人、武士、商人及中国沿海不法分子组成，长期侵扰中国东南沿海（山东、江苏、浙江、福建、广东）。据《明史》《倭变事略》记载，倭寇"焚民居，掠财物，杀男妇，掳丁壮"，沿海百姓深受其害。最严重时期（嘉靖年间），每年侵扰达数百次，沿海数千里"民不聊生，村落为墟"。明政府虽多次派兵剿灭，但倭患反复，直到16世纪后期才基本平息。
后果与影响： 后果与影响：倭寇之患导致中国东南沿海经济严重衰退，人口锐减，许多沿海城镇沦为废墟。明朝政府被迫实行海禁政策，闭关锁国，阻碍了中外贸易与文化交流。长期的海防压力耗费了大量国库资源，削弱了明朝的国力。倭寇的暴行在沿海民众中留下了深重的心理创伤，代代相传，成为中日关系史上一段痛苦的记忆。
1894-1895年
甲午战争与台湾殖民
日本通过甲午战争击败清朝，强迫签订《马关条约》，割占台湾及澎湖列岛，并索得巨额赔款（2亿两白银）。此后日本对台湾实行长达50年的殖民统治（1895-1945），设立"台湾总督府"，镇压台湾人民的武装反抗（如西来庵事件、雾社事件等），推行"皇民化"运动，强制台湾人改用日本姓名、信奉神道教，掠夺台湾的甘蔗、稻米、樟脑等资源，并将台湾作为侵略东南亚的跳板。
后果与影响： 后果与影响：台湾殖民统治造成台湾同胞深重的民族苦难，数十万台湾人民在抵抗运动中牺牲或被杀害。日本在台湾实行的"工业日本、农业台湾"政策，使台湾经济长期依附日本，民生凋敝。殖民教育体系割裂了台湾与祖国大陆的文化联系，遗留下复杂的认同问题。二战后台湾回归中国，但日本殖民统治的影响至今仍有残余。马关条约的巨额赔款加重了中国民众的负担，清政府的腐败暴露无遗，加速了其灭亡。
1931年
九一八事变与东北殖民
1931年9月18日，日本关东军自行炸毁沈阳附近南满铁路路轨，反诬中国军队破坏，随即发动武装进攻，迅速占领辽宁、吉林、黑龙江三省。1932年扶植清废帝溥仪建立伪满洲国，对东北进行长达14年的殖民统治（1931-1945）。日军在东北实行军事高压，镇压抗日义勇军和东北抗联；进行经济掠夺，强占煤矿、铁矿、森林、农田，推行"粮谷出荷"政策，强征农民粮食；强征大量中国劳工修建军事工事和铁路，许多劳工因条件恶劣而死亡。
后果与影响： 后果与影响：东北沦陷使中国丧失了重要的工业和农业基地，资源大量被掠夺。日本以东北为基地，进一步发动全面侵华战争。东北人民遭受了14年的奴役和压迫，无数家庭破碎。抗联战士在极端艰苦条件下坚持抗战，涌现出杨靖宇、赵尚志等民族英雄。伪满洲国的建立暴露了日本的殖民野心，也引发了国际社会的不满（李顿调查团报告虽判定日本为侵略，但未能制止）。东北的沦陷成为中国全面抗战的前奏。
1937-1945年
全面侵华战争
1937年7月7日卢沟桥事变后，日本发动全面侵华战争。日军在华北、华东、华中、华南等广大地区实施大规模进攻，占领了中国半壁河山。战争中，日军实施了南京大屠杀、细菌战、三光政策、慰安妇制度等一系列骇人听闻的暴行。中国军队在正面战场和敌后战场进行了英勇抵抗，淞沪会战、太原会战、徐州会战、武汉会战等重大战役惨烈异常。战争持续八年，中国以巨大的民族牺牲赢得了最终胜利。
后果与影响： 后果与影响：全面侵华战争造成中国军民伤亡约3500万，直接经济损失超过1000亿美元（按1937年币值）。无数城市被毁，文化遗产遭到破坏，工业生产倒退数十年。战争导致中国社会结构剧烈变动，大量人口流离失所，难民潮涌动。但同时也激发了中华民族的空前觉醒，各阶层、各党派团结抗战，民族凝聚力大大增强。中国的抗战是世界反法西斯战争的重要组成部分，为世界反法西斯事业作出了巨大贡献。战后中国的国际地位有所提升，成为联合国安理会常任理事国之一。
1937年12月
南京大屠杀
1937年12月13日，日军攻占南京后，立即开始有组织、有计划、有预谋的大屠杀。在长达6周的时间内，日军以集体枪杀、活埋、刀劈、火烧、水淹等残忍手段，杀害了中国平民和战俘超过30万人。日军还大规模强奸妇女，约2万中国妇女遭受蹂躏，很多人在被强奸后被杀害。南京城内三分之一的建筑被烧毁，大量文化财产（如古籍、档案）被抢掠或焚毁。国际安全区的拉贝、魏特琳等人道主义人士虽尽力保护，但无法阻止这场浩劫。
后果与影响： 后果与影响：南京大屠杀是二战期间最惨烈的暴行之一，震惊了全世界，加深了国际社会对日本军国主义的谴责。南京城和南京人民遭受了巨大的物质和精神创伤，城市元气大伤，多年未能恢复。这一事件成为中华民族记忆中永远的痛，也是中日关系中绕不开的历史问题。战后东京审判对这一罪行进行了确认和审判，但日本右翼势力至今仍试图否认或淡化，导致中日间的历史问题延续至今。南京大屠杀的纪念已成为人类共同反思战争、珍爱和平的象征。
1936-1945年
731部队与细菌战
日本关东军731部队在哈尔滨平房区设立秘密生物武器研究基地，以中国、朝鲜、苏联等国的战俘和平民进行活体实验（包括冻伤实验、压力实验、细菌感染实验等），至少3000人惨死于实验台。同时，日军在浙江宁波、衢州、湖南常德等地大规模投放鼠疫、霍乱、伤寒等病菌，造成数十万平民死亡。日军还设有100部队（长春）从事牲畜细菌研究，以及其他多个防疫给水部队。战后，731部队负责人石井四郎与美国达成肮脏交易，以实验数据换取免予起诉，真相被掩盖多年。
后果与影响： 后果与影响：细菌战和人体实验是人类历史上最恶劣的反人类罪行之一，受害者不仅包括中国军民，也包括许多盟军战俘。战后由于美国的包庇，许多罪犯逃脱了法律制裁，正义未能完全伸张。细菌战的后遗症持续数十年，一些受害者遗属至今仍面临健康问题。这段历史直到20世纪末才逐渐被公之于众，引发了国际社会的强烈反响。目前，中国和日本的有识之士仍在努力推动真相揭露和加害者的法律责任追究。731部队遗址已成为警示后人、反对战争和生物武器的重要场所。
1940-1945年
三光政策与"无人区"
为围剿华北抗日根据地，日军推行"烧光、杀光、抢光"的三光政策。在山西、河北、山东等地区，日军反复进行"扫荡"，所到之处房屋尽毁，庄稼被割，水井被填，民众被屠杀。许多村庄被夷为平地，形成大片"无人区"。据不完全统计，仅晋察冀边区就有约60万房屋被烧毁，100余万民众被杀害或流离失所。日军还强迫民众修建"集团部落"（集中营），将山区居民强行迁入，实行严密监控，断绝游击队与民众的联系。
后果与影响： 后果与影响：三光政策给华北地区带来了毁灭性的打击，许多村落彻底消失，人口锐减，经济崩溃。但这也激发了根据地军民的更强烈反抗，百团大战等大规模破袭战沉重打击了日军。三光政策的暴行在战后被揭露，成为东京审判中指控日军战争罪的重要依据。这一政策留下的创伤至今在华北老区居民中记忆犹新，许多地方仍保留着当时的"惨案纪念碑"。它也警示后人：灭绝人性的战争手段必将遭到历史的唾弃。
1937-1945年
慰安妇与性暴力
日军在侵华战争期间，以欺骗、胁迫、强掳等手段，强征约20万中国妇女充当"慰安妇"。这些妇女被关在军事"慰安所"内，每天被迫接待数十名日军士兵，遭受性奴役和暴力殴打。很多人因此染病、流产、致残甚至死亡。即使幸存者，也终身承受着身体和心理的双重创伤。日军还在上海、南京、武汉、广州等大中城市设有大量慰安所，其规模之大、组织之严密，实属罕见。
后果与影响： 后果与影响：慰安妇制度是日本军国主义对女性人权的极端践踏，是系统性性暴力犯罪。战后，大多数受害者因羞愧而选择沉默，直到20世纪90年代才陆续有人站出来揭露真相。中国、韩国等国的幸存者持续向日本政府索赔，但日本政府始终未给予正式道歉和足够赔偿。这一问题至今仍是中日、韩日关系中的症结之一，也促使国际社会反思战争中对女性的保护。慰安妇的悲惨遭遇已成为女性权利运动的重要议题，提醒人们战争对女性的特殊残酷性。
1942-1945年
强掳劳工与经济掠夺
在战争后期，日本国内劳动力严重不足，于是通过"劳务动员计划"强掳大量中国青壮年押送至日本本土，在矿山、港口、工厂、建筑工地等从事繁重苦役。据不完全统计，被强掳的中国劳工总数超过4万人。他们被关在条件恶劣的收容所，食不果腹，衣不蔽体，经常遭到毒打，死亡率极高。部分劳工被送往三菱、三井等大企业的矿山，工作环境极其危险，死伤惨重。同时，日军在占领区有计划地掠夺煤炭、铁矿石、棉花、粮食等战略资源，对中国经济进行系统性摧残。
后果与影响： 后果与影响：强掳劳工和资源掠夺给中国经济造成了巨大损失，大量资源被运往日本，支持其战争机器。被强掳的中国劳工及其家属饱受苦难，战后数十年才陆续有一些幸存者获得日本企业微薄的赔偿。但整体上，日本政府和企业对战时强掳劳工问题的清算并不彻底，仍有大量受害者未得到应有道歉和补偿。这一问题与中国民间对日索赔运动紧密相关，是中日历史问题的重要组成部分。它深刻反映了日本军国主义对中国人民的残酷剥削和种族歧视。